電子カルテの導入や更新／オンライン資格確認／電子処方箋／医療DXの人材育成に関わる補助金は、国の基金を通じたものと都道府県独自のものに分かれます。
どこが出していて、どこで公募されるかを整理します。
電子カルテや医療DXに関わる国の補助は、社会保険診療報酬支払基金に設けられた「医療情報化支援基金」を通じて医療機関に交付されるものが中心です。オンライン資格確認の導入、電子処方箋の導入、電子カルテ情報共有サービスへの対応などが、この基金からの補助として実施されてきました。
基金からの補助は支払基金のポータルで申請する仕組みで、国の補助金申請システム jGrants には掲載されません。当サイトでは、電子カルテ情報共有サービスや電子処方箋の導入補助など主な国の制度を、厚生労働省の制度ページを入口として担当者が収録しています（下の「いま受付中の該当する公募」に出典「厚生労働省ホームページ」で表示。収録範囲は「補助金の探し方」をご覧ください）。
一方、都道府県が独自に電子カルテの導入やシステム連携を補助する事業があり、こちらは jGrants や県の公表資料に載るため当サイトに収録されています。東京都の「病院診療情報デジタル推進事業」や「医療機関診療情報デジタル導入支援事業」がその例です。地域医療介護総合確保基金（医療分）を財源にした地域の医療情報連携の事業もあります。
国が開発を進める中小規模の医療機関向けの「標準型電子カルテ」は、モデル事業を経て段階的に運用が広がる見込みで、導入に関わる補助の形は年度ごとに決まります。最新の状況は厚生労働省の「医療分野の情報化の推進について」でご確認ください。
| 制度（例） | 所管と申請先 | 内容 | 原文 |
|---|---|---|---|
| 医療情報化支援基金による導入補助（オンライン資格確認、電子処方箋、電子カルテ情報共有サービス） | 厚生労働省が制度を定め、社会保険診療報酬支払基金が交付 | 対応するシステム改修や機器導入の費用の一部を補助。対象と補助率は制度と施設の種類で異なる | 支払基金 |
| 都道府県の電子カルテ導入支援（例: 東京都の病院診療情報デジタル推進事業） | 各都道府県の医療主管課 | 新たに電子カルテを導入する医療機関の費用の一部を補助。県により対象と時期が異なる | jGrants |
| 医療DX人材の育成支援（例: 東京都医療DX人材育成支援事業） | 各都道府県 | 職員の IT 資格取得などの費用を補助 | jGrants |
| 医療DX推進体制整備加算（診療報酬） | 地方厚生局への施設基準の届出 | 補助金ではなく診療報酬の加算。オンライン資格確認の体制などが要件 | 施設基準を見る |
制度名、対象、補助率は年度で変わります。表は仕組みを示すための例で、金額と受付期間は各制度の原文でご確認ください。
都道府県の事業は年度当初（4 月から 6 月）に公募が始まり、夏から秋に締め切るものが多く、補正予算が付いた年は年末から年度末にかけて追加の公募が出ます。当サイトに収録している同種の公募の受付開始月を数えると、次のような分布です。
当サイトの収録範囲（医療機関向け）で、電子カルテや医療DX に関わる受付中の公募です。地域で絞る場合は一覧ページをご利用ください。
東京都内の200床未満の病院または有床診療所の開設者が対象。医療機関におけるAI技術の活用に係る経費を補助し、医療従事者の業務負担軽減や患者の待ち時間短縮など医療の質・患者サービスの向上を支援する。
判定 医療機関向け（対象業種が医療と福祉に限られる）
新たに電子カルテシステムを導入する医療機関が対象（東京都）。導入に必要なコンサルタントの活用等に係る費用を補助し、医療情報の共有・連携を促進する。
判定 医療機関向け（対象業種が医療と福祉に限られる）
東京都内で病院または医科診療所を開設する者が対象。職員のIT・DXに関する資格取得に係る経費等を補助し、電子カルテの操作など医療DXを担う人材の育成を支援する。
判定 医療機関向け（対象業種が医療と福祉に限られる）
医療機関・薬局が対象。マイナンバーカードを公費負担医療や地方単独医療費助成の受給者証として利用可能とするPMH（Public Medical Hub）接続に必要なシステム改修等の費用を補助。本ページは令和6年度交付分の消費税仕入控除税額報告の案内が中心で、新規申請は令和7年度の別ページから行う。
判定 医療機関向け（対象業種が医療と福祉に限られる）
医療機関・薬局が対象。マイナンバーカードを公費負担医療・地方単独医療費助成の受給者証として利用可能とするPMH接続に必要なシステム改修等の費用を補助。令和7年度の新規申請受付は終了しており、事業は翌年度も継続予定。
判定 医療機関向け（対象業種が医療と福祉に限られる）
東京都内の医療機関・薬局が対象。マイナンバーカードを公費負担医療・地方単独医療費助成の受給者証として利用可能とするPMH接続に必要なシステム改修等の費用を補助。過年度交付分の消費税仕入控除税額報告も同ページで受け付けている。
判定 医療機関向け（対象業種が医療と福祉に限られる）
判定 医療機関向け（担当者が医療機関向けの制度として収録）
判定 医療機関向け（担当者が医療機関向けの制度として収録）
判定 医療機関向け（担当者が医療機関向けの制度として収録）
ベースアップ評価料を届け出ている都内の病院・有床/無床診療所（医科・歯科）・訪問看護ステーションが対象。ICT機器導入やタスクシフト/シェアによる業務効率化、職員の賃金改善に要する経費相当を給付金として支給する。
判定 医療機関向け（担当者が医療機関向けの制度として収録）
受付が終了した公募です。翌年度に同じ名称や似た名称で公募されることが多いため、来年度の見当を付ける参考にしてください。
受付終了した公募は、原文ページが移動または削除されている場合があります。
この解説は AI が公的な資料をもとに下書きし、運営者が確認したものです（2026年9月13日時点）。 受付中の公募と過去の公募は当サイトの収録範囲での表示で、すべてを網羅するものではありません。金額と受付期間は取得したデータをそのまま表示し、概要の要約は AI が生成しています。 当サイトは申請の代行や相談は行っていません。内容の誤りは訂正受付窓口からお知らせください。
出典：Jグランツ（デジタル庁）／中小機構 J-Net21／都道府県公表資料（各都道府県）／厚生労働省ホームページ（リンク先は各補助金の掲載元ページです）。 J-Net21 由来の情報は、タイトルと原文リンクのみを掲載しています。
このコンテンツは、政府公式の補助金申請システム jGrants の Web-API 機能を利用して取得した情報をもとに株式会社ウェブリクにて作成されたものです。 コンテンツの内容は日本国政府及び自治体によって保証されたものではありません。
※ 概要の一部はAIによる自動生成です。金額と受付期間は取得したデータをそのまま表示しています。 最新の公募状況や金額、申請要件は、必ず各リンク先（原文）でご確認ください。